1645年5月,李自成在湖北通山被地方武装斩杀。由于李自成死的非常突然,对继承人没有任何的安排。
以至于此时剩下的东西两路农民军立刻陷入群龙无首的局面,再加上核心人物刘宗敏被杀、牛金星投降,更是雪上加霜。在此之后,明清双方对这些农民军的拉拢就开始了。
一、东路农民军大半投靠了清廷
李自成意外被杀以后,他亲自率领的东路农民军立刻陷入了群龙无首的局面。当时农民军中的田见秀、郝摇旗、王进才、张鼎等人各有自己的势力,每个人手上都有那么两三万人的军队。
这些人的军队加在一起达到了21万,但是这些人没有统一的指挥,各个将领谁也不服谁。这些人为了躲避清军的打击撤进了湖南地区,当时明朝的湖广总督何腾蛟在长沙,而清朝的湖广总督佟养和在武昌。
农民军初入湖南时,被何腾蛟当成了地方流寇予以打击。可结果却是前去进剿的明军被暴打,逃回来的明军士兵报告说“看到了大顺的旗帜,而且人数铺天盖地。”20多万人不铺天盖地才怪。

此时何腾蛟手里只有2万多军队,根本不是农民军的对手,听到消息以后何腾蛟十分恐慌。不过此时的农民军已经什么都没有了,他们开始和何腾蛟商议联合抗清。
当年的七月,何腾蛟和农民军达成了协议共同抗清。但处于崇祯皇帝之死和传统的教育偏见,何腾蛟、章旷等地方大员对农民军并不信任,对后勤补给也是一拖再拖。
与此同时,清军在湖北的主力已经撤回北方,英亲王阿济格也回到北京避暑去了,此时的湖北地区只有佟养和指挥的7000清军和2万多明朝降军。这是收复湖北绝佳的机会,但是何腾蛟没有能把握住,反而让清廷掌握了主动权。
佟养和以不必剃发为诱饵,引诱湖南的农民军前往湖北。结果除了王进才和郝摇旗继续留在湖南效忠南明之外,其余张鼎、田见秀等人全部开向了湖北,10多万农民军就这么成了伪军。东路的农民军解体,力量对比立刻发生了大逆转。
二、西路农民军开始效忠南明
李自成死了以后,驻守陕北和宁夏地区的农民军也开始南撤,这就是西路军。西路农民军的路线与东路军相仿也是进入了两湖地区,此时清廷的手先伸了出来,先后六次招降西路军。
但西路军的李锦和高一功二人没有像东路军那样投降,他们选择了和南明隆武朝联合。此时西路军的兵力在15万左右,还是一直很有战斗力的军队。
福建方面的南明朝廷又是吵翻了天,很多迂腐的文官说“李贼破北京,罪不可赦,其同党岂可封拜?”这都什么时候了!大明朝从北京败到南京,又从南京败到福建,这些文官想着剿灭流寇。
最后还是隆武皇帝英明睿智,下诏封李锦为兴国侯,改名为李赤心,高一功改名为高必正,就这样南明历史上大名鼎鼎的忠贞营成立了。
既然效力了南明,为要为南明王朝干活。1646年正月,南明方面兵分两路准备收复湖北,何腾蛟出岳州进攻武昌,另一位明朝大员堵胤锡统帅忠贞营进攻荆州,最后两军会师在长江北岸。
何腾蛟对大明朝忠心耿耿,但是能力确实不咋滴。他率领明军在途中遇到了明军败兵,败兵言到“满洲大军已到”,何腾蛟听后立刻下令撤退。其实这支清军只有2000多人,大队还距离很远,最后何腾蛟连军事重地岳州都丢了。
这些事情,正在围攻荆州的军队毫不知情。二月初三,正在围攻荆州的忠贞营身后出现了大股清朝骑兵,由于忠贞营没有任何的防备,被清军里外合击大败而退。
三、南明朝廷控制的湖南地区丧失

在传统史料中一直把何腾蛟捧在一个很高的地位,都不相信忠臣也会误国,但是忠心耿耿但能力低下的官员在南明历史上屡见不鲜。1646年7月,湖北的清军主力又回北方避暑了,何腾蛟决定再次北伐收复湖北。
此次准备的非常充分,明军水路并进、声势很大。只可惜明军遭到了几百清军骑兵的袭击,就以为是清军大队到了,开始疯狂的撤退。由于湖南方面的明军总在夏天清军北上避暑时北伐,搞得清廷疲于应付。
1647年二月,清廷派出了恭顺王孔有德率领清军进攻湖南。其实孔有德率领的军队大多是都是明朝的降军,只有四分之一的八旗兵。
清军南下长沙,当时长沙的防御十分薄弱,王进才(原来的农民军将领)保护何腾蛟杀出重围,乘船向衡州撤退。一个月之后,衡州又被清军攻陷,何腾蛟再次撤退到了永州。
截止当年八月,除了湖南南部还在南明的控制下外,湖南的北部、中部相继沦陷。从1645年开始,本来抓了一手好牌的何腾蛟却在两年不到的时间里,输得是干干净净,连老本湖南都搭进去了。在此以后南明在湖南的残余力量,有的撤往贵州,有的撤往广西。
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