提到“靖难之役”首先想到的是朱允炆和朱棣的故事。建文四年(1402年)六月十三,燕军攻入金陵后,朱允炆在宫廷纵火,朱允炆自己不知所踪;自此其下落变成疑团。朱棣进城后,派人找到皇后的遗体,指认其为朱允炆,并执其手哭“傻小子,何必这般!”。接着六月二十日,以君王礼葬朱允炆,产生建文帝已死的假相。而朱允炆的下落变成了千载谜题。相传,郑和下西洋的目地之一就是寻找建文帝的行踪。而另一路是胡濙密访江浙一带。
朱棣进到金陵以后,数天后(六月十七),朱棣谒孝陵,并于当天即皇帝位,是为明太宗(后改成成祖)。复建奉天殿(旧殿被朱允炆所焚),刻玉玺。同一年十一月十三日,封王妃徐氏为皇后。朱棣不承认建文年号,七月初一(一说六月十八),将建文元、二、三、四年改成洪武三十二至三十五年,第二年改成永乐元年。凡建文年里贬斥的高官,一律复原职位(如靖难初期因挑拨被贬的江阴侯吴高被再度起用,守大同);建文年里的各项改革一律撤销;建文年里制订的各类法律法规,凡与明太祖有悖的,一律废止。但一些有益于民生的要求也被废止,如建文二年(1400年)宣布缓解洪武年间浙西一带的极重的田赋,到此又加重。

朱棣在靖难之役获得胜利后,向京都(今南京)军警民发布消息:“坚守领地的藩王因左班佞臣挑拨造成骨血被其迫害,因此迫不得已举兵诛灭她们,为此来帮扶江山社稷和保安亲藩。今次拟定的京城奸臣,有罪者不敢赦免,无罪者不敢诛杀,倘若误伤受到牵连又殃及到死伤,并非靖难本意。”
建文四年(1402年)六月二十五日,朱棣诛灭齐泰、黄子澄、方孝孺,灭其族。在其中方孝孺受拖累而死者共873人,充军等罪者数千人。因黄子澄受拖累的有345人。景清降后合谋刺杀,事败,八月十二被杀,灭九族;后屠其故乡,谓“瓜蔓抄”。除此之外,诸多建文旧臣如卓敬、暴昭、练子宁、毛泰、郭任、卢植、戴德彝、王艮、王叔英、谢升、丁志方、甘霖、董镛、陈继之、韩永、叶福、刘端、黄观、侯泰、茅大芳、陈迪、铁铉等,世称:“忠愤激发,视刀锯鼎镬甘之若饴,百世而下,凛凛犹有生气。”他们的亲属和家人也被拖累,死者甚众,放逐、被逼作卖淫女及被其他方法处罚的人也许多。直到明仁宗继位后,绝大部分人始获饶恕,剩下的人的子孙后代却迟至明神宗时始获饶恕。在大肆诛灭以外,本月,朱棣将魏国公徐辉祖下狱,后释放出来并削其官爵。辉祖人死之后,其子嗣魏国公爵。黄观被朱棣所妒嫉,其狀元的资格被革去。
朱棣即位后,复原了周王朱橚、齐王朱榑的官爵。接着复原代王朱桂、岷王朱楩的官爵。永乐元年(1403年)元月,明成祖令周、齐、代、岷四王归藩。六月二十六日,成祖撤销建文帝之父朱标的兴宗庙号,再次称懿文太子;七月十二日,成祖将朱允炆的三个侄子由亲王降为郡王;十一月将朱标之孙朱允熥、朱允熞废为庶人,监禁在故乡凤阳。
殊不知因为朱棣自身是武装篡权的,以便确保中央政党牢固,他继位后先将诸边塞王改封于国内,随后慢慢消除诸王的军权:永乐元年(1403年)削代王保卫及官属;永乐四年(1406年)削齐王保卫及官属,没多久废为庶人;永乐六年(1408年)削岷王护卫及官属;永乐十年(1412年)削辽王保卫;永乐十五年(1417年)废谷王为庶人;永乐十九年(1419年)周王见势不妙,主动献还保卫。明洪武朝领兵的十三位亲王,永乐朝削掉了六个护卫。此外,大封靖难元勋,将大量有经验的武臣保留出来,提升中央政党,从源头上更改了中央和诸藩的国防军事实力。

以便更高效率地解决国务,建文四年(1402年)八月初一,朱棣令解缙、黄淮入直文渊阁,预机务。接着扩大内阁至七人。此后内阁开始在明代政冶中充分发挥愈来愈关键的功效,乃至清代仍延用此规章制度。
另一方面,因为朱棣是谋反即位的,对重臣有一定的猜疑,故复原了洪武年间废止的大明锦衣卫,从头开始执行明代的间谍执政。接着,永乐十八年(1420年),朱棣又开设了东厂,令心腹宦官当权,提升间谍执政的另外提升了太监的影响力。有明一代,间谍执政基本上贯穿始终,变成一大特性。因为靖难之役时,京中太监出示的情报协助成祖战胜惠帝,成祖继位后便更改明太祖至今严禁太监专权的现行政策,刚开始重用太监。
因为洪武年间,北方地区的引控多由几个边王承担,而靖难后朱棣徙诸边王于国内,造成华北防务空虚;又因为有唐代之守外虚内、宋代之守内虚外的经验教训,故在国防上,建都金陵(南京)、遥控将领守护边界的风险性非常大;“天子守国门”则能够处理这一难题。另一方面,因为南京的建文帝影响很大,政治理念考虑,做为朱棣本营的北平更为合适做为皇都。故考虑到多种要素后,朱棣决定了迁都北京。
永乐元年(1403年)二月,朱棣改北平为北京,名顺天府(与元朝大都差别);接着迁移全国各地富民于北京市。称北京为行在。永乐年间,迁都北京的提前准备一直在开展,如建北京故宫、建宫殿、输通漕运等;直至永乐十八年(1420年),北京宫廷(即北京紫禁城,北京故宫)和北京城完工,遂宣布迁都,以金陵做为留都。
朱棣在靖难初始时曾将大宁的所有兵力(包含朵颜三卫)列入手下,朵颜三卫在事后战斗中具有了关键作用;故朱棣即位后,将宁王封于南昌市,永乐元年(1403年)三月把大宁册封给朵颜三卫作报酬,割大宁之事,多为后代所抨击。“靖难之役”是明朝历史上影响长远的一次政权争夺战,不但造成了明代帝位所属的更改,也巨大影响了自此二百多年明代政冶、观念的动向。
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