军机章京俗称“小军机”,早期也称为“司员”。最初,章京无一定额数,在内阁中书等官员中选调。乾隆初,改由内阁、各部、理藩院等衙门调派。
自嘉庆四年(1799年)始,定军机章京分满、汉各两班,每班8人,共32人。各班设领班、帮领班章京各1员,由军机大臣于章京中选资深望重者任之。
军机章京的选任,据《枢恒纪略》卷7载:“汉军机章京由内阁中书、六部郎中、员外郎、主事、七品小京官由进士、举人出身者兼充;满军机章京以内阁中书、六部、理藩院郎中、员外郎、主事、笔帖式兼充”。光绪三十二年(公元1906年)确定汉章京额缺为20人。

军机章京亦为兼差,选用者必须为进士、举人、拔贡出身,年纪轻,办事练达,撰拟迅速,书写端正。其原职缺升至通政司副使、大理寺少卿官及三品,即调归本任。军机处选补章京,由各衙门开具履历保送,军机大臣亲加考试,合格者即带领引见,录用与否由皇帝决定。录取后,依次列名存记,俟缺出按单调取。军机章京向例不参加京察,其奖叙升转由军机大臣酌情保奏。
光绪三十二年(1906年)十二月初十,奏定变通军机章京升补章程,定军机章京为实缺,其领班章京秩视三品,帮领班章京秩视四品,以下各章京俱按原品实授;并规定三年递升的升补办法。军机章京负责军机处的日常工作,如处理文书、记注档册、撰拟文稿等。值宿之章京,夜间遇有紧要事件,亦有单独被皇帝召见承旨撰书谕旨者;还可参与军机大臣所承办案件的审理等。
军机章京之职务,一为议旨呈由军机大臣改定;二为每日折奏交内阁后,由章京钞录折底归档,三年缮修一次,保举最优;三为修方略时,兼充纂修。每日轮二人值班,惟领班不值。凡值班资格较深者,称为“老班公”,其次称为“小班公”。老班公掌谕折,小班公掌档案及金钥,所谓“随手档”者,即按日分地分时,摘录事由,汇记收发谕折,俾经过之事,一目了然。
元旦日无事,则书“太平无事”四字於其日之下;有事,则书“太平有象”四字;万寿日,书“万寿无疆”四字,亦故事也。此外,军机章京例派四人轮值总理各国事务衙门,因同光时外交关系重要,军机大臣多兼总理大臣,欲使军机处与总理衙门发生连锁关系,故不得不以章京承值,每次派大员赴外省查案时,亦有调章京为随员者。
乾隆时,温福、傅恒出征大小金川及缅甸,皆曾请派章京随行。章京出军机以后,各省督抚以其熟悉政情,往往延为上宾,如乾隆时史学家赵翼之入李侍尧幕,即其最著者也。故论军机处权能,章京位分虽低,隐握实权,势耀煊赫,仅稍次于军机大臣而已。
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