1271年蒙古大汗忽必烈定国号为元,乌思藏(今西藏中部、西部及其迤西地区)、朵甘等地成为统一的多民族的大元帝国的一部分,西藏地方从此正式纳入中国中央政府的直接管辖之下。

元朝统一中国后,根据藏族地区的实际情况,采取了一系列影响深远的施政措施:
一、首次设置中央机构总制院(1288年改称宣政院),掌管全国佛教事务及西藏等地的军政事务。宣政院使(主管官员)一般由丞相兼任,副使由帝师举荐的僧人担任。
二、在西藏清查民户、设置驿站、征收赋税、驻扎军队、任命官员,并将元朝刑法、历法在西藏颁行。
三、任用藏族僧俗担当从中央到地方高级官吏。乌思藏、朵甘等地行政机构之设裁及官员的任免、升降、赏罚,皆听命于中央。
四、划分西藏地方行政区域。元朝中央在藏族地区设了三个不相统属的宣慰使司,均直属宣政院管理,这就是藏文史书中所说的“三区喀”。就今西藏自治区的地域而言,当时分归其中两个宣慰使司管辖——今拉萨、山南、日喀则、阿里等地归乌斯藏宣慰司管辖;
今昌都一带及那曲市东部归朵甘宣慰司管辖。元朝在乌思藏等地清查户口,确立差役,征收赋税,建立驿站,派驻军队,镇守边疆。乌思藏宣慰司设在萨斯迦(今西藏萨迦),下设13个万户府和若干个千户所,并征收赋税。
其中,元代对于行政区域的划置,成为此后西藏行政区划沿革的基础。

宣政院,初名总制院,是元朝统治中国时期设立的一个直属中央政府管辖的国家机构,负责掌管全国佛教事宜并统辖吐蕃(今西藏)地区的军政事务。
至元元年(1264年),元世祖忽必烈下诏设立总制院。到了至元二十五年(1288年),尚书省右丞相兼总制院使桑哥,认为总制院责任重大,故向忽必烈奏请,根据中国唐朝时期在宣政殿接待吐蕃使臣之例,而更名为宣政院。
机构由来
忽必烈在汉地立国建都后,仍然十分注意保持和发展蒙古民族的语言和文化。中统元年(公元1260年)十二月,忽必烈封吐蕃萨迦的八思巴为“国师”,命八思巴率领一些吐蕃语言文学者重新创制蒙古文字。

至元六年(公元1269年)二月,新字制成,由忽必烈正式颁行,并加八思巴为“帝师”、“大宝法王”,统领全国佛教。朝廷立总制院,管领佛教僧徒及吐蕃境内事务,仍以“帝师”八思巴统领之。《元史·百官志三》载:“至元二十五年(公元1288年),因唐制吐蕃来朝见於宣政殿之故,更名宣政院。
置院使二员,同知二员,副使二员,经历二员,都事四员,管勾一员,照磨一员”。院使由朝廷命官任领。吐蕃有事,另设分院往治。宣政院的官员,僧俗并用,是元朝设立的一个特殊机构。它既是管理全国佛教的事务机关,又是直接统领吐蕃的政务和军事。元明宗天历二年(公元1329年),罢功德使司归宣政院。设置院使10员,从一品,同知2员,正二品,副使2员,从二品。
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